Se graduó del Colegio de Princeton en 1839. Sus padres, a quienes perdió tempranamente en su vida, habían sido metodistas, pero los hijos sobrevivientes se unieron a la Iglesia Episcopal. El tomó las órdenes en comunión y fue ordenado presbítero en septiembre de 1846. Su carrera prometió ser no solamente exitosa, sino brillante.

Poseía muchos dones mentales, además de una personalidad refinada y atractiva. Fue profundamente piadoso, muy consagrado al trabajo que había seleccionado. Fue asignado como primer asistente en la Iglesia de San Pablo en Baltimore, y seis años más tarde fue nombrado rector de la Iglesia de San Lucas en la misma ciudad. Llegó a ser un elocuente predicador.

Los años del movimiento de Oxford coincidieron con los de su temprana preparación y su influencia en los Estados Unidos dio como resultado la conversión de muchas personas distinguidas. No era posible que alguien tan sincero e inteligente como Baker pudiera permanecer inmóvil ante el retorno de los principios del catolicismo. Algo que causó el estudio de la historia y la teología patrística.

Las decisiones que llegó a tomar fueron costosas en términos afectivos, pero escuchó la llamada, y en 1853, hizo su profesión de fe. Atraído por la vida religiosa, entró en la orden Redentorista. Fue ordenado sacerdote en la Catedral de Baltimore el 21 de septiembre de 1856. Desde entonces principió una fecunda labor como misionero.

Los redentoristas habían inaugurado su trabajo en 1851, en lo que compete a los católicos de habla inglesa en Estados Unidos. La mayor inmigración que tuvo lugar hizo que su trabajo fuera exhaustivo y continuo. El grupo misionero incluyó a los Padres Hecker, Walworth, Hewit, y Deshon. Todos convertidos, y todos estadounidenses, una inusual y variada combinación. En medio de ello, la llegada del Padre Baker fue algo muy valioso.

Realizó su trabajo con mucha dedicación, como un apóstol, con madura y persuasiva elocuencia, llegó a tener el carácter atractivo y el magnetismo de la santidad. Estas no son palabras de solamente elogios. Se basa en las percepciones de que dieron testimonio los críticos, las numerosas conversiones, las impresiones de afecto, y las evidencias que provocaron en quienes escucharon sus dotes en oratoria. Ello colocó al Padre Baker en un lugar privilegiado entre los predicadores católicos.

En sus sermones encontramos una prédica con argumentos convincentes, una dicción clara y finalizada, una utilización abundante de la escritura, lo que combinado con su honesta presentación, llegó a producir un mensaje con efecto poderoso.

Dejó los redentoristas, conjuntamente con los Padres Hecker, Walworth, Hewitt y Deshon, a fin de establecer una misión comunitaria para las parroquias inglesas. Llegaron a fundar el Instituto Paulino. Fue él quien dio el impulso a fin de establecer la tradición de realizar con exactitud y resplandor, el ceremonial religioso; algo que llegó a ser característico de la comunidad. Murió de tifoidea neumónica, la que contrajo mientras atendía a los enfermos.

HEWIT, Memoir of the Life of the Rev. Francis A. Baker (New York, 1865); Sermons of the Rev. Francis A. Baker (New York, 1896); WALWORTH, The Oxford Movement in the U.S. (New York, 1895).