Se desconoce la fecha de su nacimiento; reinó entre 955 y 964.

Alberico el más joven, después de la caída de su madre, Marozia (932), fue gobernante absoluto en Roma. Antes de su muerte impuso un juramento (954) a los nobles romanos en San Pedro, para que en la próxima vacancia de la sede papal solamente su hijo, Octavio, fuera elegido papa. Después de la muerte del pontífice reinante, Agapito II, Octavio, entonces de diez y ocho años, fue efectivamente escogido como su sucesor el 16 de Diciembre de 955, y adoptó el nombre de Juan. La autoridad temporal y espiritual en Roma fue así de nuevo unificada en una sola persona – un hombre inmoral, ordinario, cuya vida fue tal que del palacio Lateranense se hablaba como de un burdel, y la corrupción moral en Roma llegó a ser objeto de repudio general. Guerra y persecución agradaban más a este papa que el gobierno eclesiástico.

Fue derrotado en la guerra contra el Duque Pandolfo de Capua, y al mismo tiempo los Estados Eclesiásticos fueron ocupados por Berengario, Rey de Italia, y su hijo Adalberto. En este dilema el Papa había recurrido al rey germano, Otto I, quien entonces apareció en Roma a la cabeza de un poderoso ejército. Berengario, sin embargo, no se arriesgó a un encuentro, sino que se retiró a los castillos fortificados. El 31 de Enero de 962, Otto llegó a Roma. Tomó un juramento para reconocer a Juan como papa y gobernante de Roma; a no publicar decretos sin el consentimiento del papa; y, en caso de entregar su mando en Italia a cualquier otro, exigir de tal persona un juramento para defender hasta el extremo de sus capacidades al papa y al patrimonio de San Pedro. El papa, por su parte, juró guardar fidelidad a Otto y no realizar alianza alguna con Berengario y Adalberto. El día 2 de Febrero de 962, Otto fue coronado emperador por el Papa.

El duodécimo día tuvo lugar en Roma un sínodo, en el cual Juan, a solicitud de Otto, fundó el Arzobispado de Magdeburgo y el Obispado de Morseburgo, otorgó el palio a los Arzobispos de Salzburgo y Trier, y confirmó la designación de Rother como Obispo de Verona. Al día siguiente, el emperador emitió un decreto, el famoso Diploma Otonianum, en el cual confirmó a la Iglesia de Roma en sus posesiones, particularmente aquellas otorgadas por Pepino y Carlomagno, y estipuló al mismo tiempo que en el futuro los papas serían elegidos en forma canónica, si bien su consagración tendría lugar solo después de que se hubieran hecho las promesas necesarias al emperador o sus embajadores. La autenticidad del contenido de este tan cuestionado documento es segura, aunque el que se conserva sea tan solo un duplicado del original (Sickel, “Das Privilegium Ottos I, für die römische Kirche”, Innsbruck, 1883). El 14 de Febrero el emperador salió airado de Roma con su ejército para reanudar la guerra contra Berengario y Adalberto.

El Papa ahora rápidamente cambió de opinión, mientras Otto de su parte urgía la autoridad imperial a límites excesivos. Juan inició negociaciones secretas con Adalberto, hijo de Berengario, y envió emisarios con cartas a Hungría y a Constantinopla con el fin de incitar una guerra contra Otto. Aquellas fueron, sin embargo, incautadas por los soldados imperiales, y el emperador conoció así la traición del papa. Juan ahora envió un embajador a Otto para hacer la paz con éste, y al mismo tiempo explicar el motivo de queja del papa, el cual era que el emperador había recibido para sí mismo el juramento de alianza de aquellas ciudades de los Estados Eclesiásticos, las cuales él había reconquistado de Berengario. Otto envió un embajador para refutar esta acusación. Al mismo tiempo Adalberto fue en persona a Roma, y fue recibido ceremonialmente por el papa. La facción de los nobles romanos que simpatizaban con el emperador entró en revuelta contra Juan. Otto apareció por segunda vez en Roma (2 de Noviembre de 963), mientras Juan y Adalberto huían a Tivoli. En el séquito del emperador estaba Liutprand, Obispo de Cremona, quien describe así los hechos como testigo ocular. Otto ahora probablemente renovó y extendió el acuerdo efectuado en otro tiempo, obteniendo de los nobles una promesa bajo juramento de no elegir o consagrar un papa sin el consentimiento del emperador.

El 6 de Noviembre fue convocado en San Pedro un sínodo compuesto de cincuenta obispos italianos y alemanes; Juan fue acusado de sacrilegio, simonía, perjurio, asesinato, adulterio, e incesto, y fue citado por escrito a defenderse personalmente. Rehusando reconocer el sínodo, Juan pronunció sentencia de excomunión (ferendæ sententia) contra todos los participantes en la reunión, así eligieran en su lugar a otro papa. El emperador entonces se ofreció para acusar a Juan de haber roto el acuerdo ratificado por juramento, lo traicionó y llamó a Adalberto. Con el consentimiento imperial el sínodo depuso a Juan el 4 de Diciembre, y eligió para reemplazarlo al protonotario León, un laico. Este recibió todas las órdenes por fuera de los cánones sin los intervalos apropiados (interstitia), y fue coronado papa como León VIII. Este procedimiento estaba contra los cánones de la Iglesia, y la entronización de León fue casi universalmente considerada como inválida. La mayor parte de las tropas imperiales salieron ahora de Roma, los partidarios de Juan se levantaron contra el emperador, pero fueron suprimidos el 3 de Enero de 964, con derramamiento de sangre. No obstante, a solicitud de León, Otto puso en libertad a los cientos de rehenes que había exigido, y marchó de Roma para encontrarse con Adalberto en el campo. Una nueva insurrección estalló en la ciudad contra la parte imperial; León VIII, huyó, mientras Juan XII reingresaba en Roma, y tomaba venganza sangrienta sobre los líderes de la parte opositora.

El Cardenal-Diácono Juan tenía su mano derecha inhabilitada, el Obispo Otgar de Speyer fue azotado, un alto oficial palatino perdió nariz y orejas. El 26 de Febrero de 964, Juan celebró un sínodo en San Pedro en el que fueron revocados los decretos del sínodo del 6 de Noviembre; León VIII y todos los que lo habían elegido fueron excomulgados; su ordenación fue declarada inválida; y el Obispo Sico de Ostia, quien lo consagró, fue privado en adelante de sus dignidades. El emperador, libre de actuar después de la derrota de Berengario, se estaba preparando para reingresar en Roma, cuando la muerte del papa cambió la situación. Juan murió el 14 de Mayo de 964, ocho días después de haber sido, según los rumores, atacado por la parálisis en el acto de adulterio. Luitprand cuenta que en esa ocasión el demonio le asestó un golpe en la sien como consecuencia de lo cual murió.