En aquel tiempo el patricio Juan Crescencio, hijo del duque Crescencio, con la ayuda de sus partidarios, había obtenido el control del poder temporal de Roma.
Según algunos cronistas el predominio de Crescencio llegó a ser muy molesto al Papa, a quien incluso le prohibió la entrada, excepto si pagaba soborno, por lo que Juan huyó a Toscana y buscó la ayuda de la Emperatriz Teófano, aunque permitió ser persuadido con las promesas de Crescencio para volver a Roma. De hecho, Juan estuvo tan influenciado en su pontificado por el poderoso patricio, aunque mantuvo relaciones amistosas con la corte alemana y con las emperatrices, Adelaida, viuda de Otón I, y Teófano, viuda de Otón II.

La mediación del Papa fue buscada por Inglaterra en la contienda entre el rey Eteraldo y Ricardo de Normandía. El legado del Papa, León de Trevi, llevó a las partes a la paz de Ruán (el 1 de marzo de 991), que fue ratificada por una Bula papal.
Un conflicto serio ocurrió durante su pontificado en la sede arzobispal de Reims, sin que la interferencia del Papa condujera en principio a resultado positivo alguno.
Hugo Capeto, que había sido elevado al trono de Francia, hizo a Arnulfo, sobrino del duque Carlos de Lorena, arzobispo de Reims en el 998. Carlos que era adversario de Hugo Capeto triunfó en la toma de Reims poniendo preso a su arzobispo . Hugo, sin embargo, consideraba a Arnulfo un traidor y exigió su deposición por el Papa. Antes de que recibiera la última respuesta, Hugo Capeto capturó al duque Carlos y al arzobispo Arnulfo, y convocó un sínodo en Reims en junio de 991, que depuso a Arnulfo y eligió como su sucesor al abad Gerberto (quien luego fue el Papa Silvestre II).

Este procedimiento fue rechazado por Roma, aunque en el sínodo de Chelles se habían sancionado los decretos del de Reims. El Papa convocó a los obispos franceses para celebrar un sínodo independiente en Aquisgrán para reconsiderar el caso. Luego que lo rechazarán, los convocó entonces a un sínodo en Roma, pero objetaron como razón para no obedecer a este emplazamiento a las condiciones sin resolver entre Francia e Italia. El Papa entonces envió al abad León de San Bonifacio a Francia como su legado, con instrucciones para llamar a concilio a los obispos franceses y alemanes en Mousson.
A este concilio solamente acudieron los obispos alemanes, pues los franceses fueron detenidos en el viaje por los reyes Hugo y Roberto. Gerberto intentó exculparse en el sínodo convocado el 2 de junio de 995, pero fue condenado y suspendido hasta el 1 de julio, cuando se celebró un nuevo sínodo en Reims. Con el esfuerzo del legado, la deposición de Arnulfo fue declarada ilegal.
Después de la muerte de Hugo Capeto (el 23 de octubre de 996), Arnulfo fue liberado de su encarcelamiento, y en el 997 la Santa Sede le restauró a todas sus dignidades.
Se dispuso de Gerberto para ir a la corte imperial en Magdeburgo, donde fue preceptor de Otón III.
En un sínodo romano celebrado en Letrán el 31 de enero de 993, el obispo Ulrico de Augsburgo fue canonizado solemnemente, el Papa notificó este acontecimiento a los obispos franceses y alemanes en una Bula fechada el 3 de febrero. Ésta fue la primera canonización solemne hecha por un Papa.
Juan confirió muchos privilegios a iglesias y a conventos, y fue patrón y protector de los monjes de Cluny.
En 996 el emperador Otón emprendió un viaje a Italia para obtener su coronación imperial del Papa, pero Juan murió a principios de abril, mientras que Otón se había rezagado en Pavía hasta el 12 de abril para celebrar la Pascua.