Uno o dos años antes de que Juan fuera elegido Papa, San Metodio, hermano de San Cirilo, quien había muerto en Roma (869), había sido enviado de nuevo a Moravia como arzobispo a continuar su trabajo en pro de la conversión de los eslavos. Había recibido permiso para usar la lengua eslava en la liturgia de la Iglesia. Esta acción del Papa Adriano II no había agradado ni a los príncipes ni a los obispos germanos. Los primeros tenían intereses políticos, los segundos eclesiásticos; sobre Moravia. Metodio fue aprendido (871) y no fue sino hasta el 873 que un indicio sobre como era tratado y su apelación a Roma llegaron a Juan. Aunque por el momento, como deferencia a la oposición germana, el Papa prohibió el uso de la lengua eslava en la liturgia, insistió en la inmediata restauración de Metodio. Luego que sus órdenes fueron obedecidas, Juan llamó a Roma al arzobispo dado que habían nuevas acusaciones en su contra. Un cuidadoso examen convenció a Juan de la ortodoxia de Metodio, quien fue enviado de nuevo a Moravia con el permiso de utilizar la lengua eslava en la liturgia. Con ayuda del Papa, el santo triunfó sobre todas las oposiciones y continuó su trabajo de conversión hasta su muerte el 6 de abril de 885. Uno de los resultados del trabajo entre los eslavos fue que varias de sus tribus se pusieron bajo la protección de la Santa Sede. Juan también tuvo mucha comunicación con los orientales eslavos de Bulgaria. Luchó por llevarlos de nuevo bajo la directa jurisdicción de la Santa Sede. Los derechos papales en ese país habían sido usurpados por los patriarcas de Constantinopla y, a pesar de su fe que era la misma de él, tal como se lo dijo al rey búlgaro Boris, con justicia temía que su tendencia a la herejía y al cisma, eventualmente llevaría a los búlgaros a ambos. A pesar de ello, no pusieron atención a las exhortaciones del Papa y lo que él había previsto que sucedería, termina sucediendo. Cuando Basilio el Macedonio se erige en el trono de Constantinopla, repuso a San Ignacio en su sede y desterró al usurpador Focio (867). Durante este destierro, sin embargo, la hábil adulación permitió al exiliado ganar el favor del emperador y, a la muerte de San Ignacio (877), fue reconocido como su sucesor. Entonces no reparó en gastos para inducir a Juan a conciliar con él. Finalmente el Papa accedió bajo ciertas condiciones pero, como Focio no las observó, fue solemnemente condenado por el Papa (881).

Luis II, a pesar de no ser señor de Italia, ostentaba en este tiempo el título de Emperador de los Romanos. Juan le dio su apoyo por ser un príncipe de carácter. Logró inducir a Carlos el Calvo, rey de Francia, a renunciar al reino de Lotario; le ayudó en sus esfuerzos contra los sarracenos y, luego de su muerte (875), consoló a su viuda Engelberga. Cuando Luis II murió, el apoyo de Juan a Carlos el Calvo redundó en la recepción de la corona imperial por parte de éste (25 de diciembre de 875) y la incomodidad de sus rivales. Carlos no fue malagradecido por la ayuda del Papa, y no sólo decretó que la Iglesia Romana, como cabeza de todas las Iglesias, debía ser obedecida por todos, sino que en 876 traspasó a Juan muchos de “los derechos y costumbres del imperio”. Juan, sin embargo, no obtuvo mucha ayuda práctica de él. Carlos era un hombre que aspiraba a grandes cosas, pero prácticamente no sabía adaptar sus medios a los fines que perseguía. Finalmente lo hizo y fue a ayudar a Juan contra los sarracenos quienes lo habían mortificado durante todo su pontificado. Su expedición fue, sin embargo, una falla y, antes de que pudiera renovar su intento, murió el 6 de octubre de 877. Entre los candidatos para el trono imperial vacante, Juan pensó que el único adecuado era Bosso, quien pronto sería rey de Provenza. Pero Bosso no dio ningún paso decisivo en el asunto, así que el Papa, ignorando las reclamaciones de Carloman debido a su mala salud la cual había hecho que encomendara el cuidado “del Reino de Italia” al propio Juan, apoyó a Carlos el Gordo como sucesor imperial de Carlos el Calvo, estableció exitosamente a su candidato en el trono imperial y lo coronó en febrero de 881.

Antes de la muerte de Juan, Carlos se había convertido, por lo menos de nombre, en el soberano de la mayoría de los estados sobre los que Carlomagno había ejercido soberanía. Pero estaba física y mentalmente incapacitado para su posición; aunque Juan estaba grandemente necesitado de ayuda. De principio a fin de su reinado, fue hostilizado por los sarracenos y preocupado por la conducta antipatriótica de algunos de los príncipes sureños de Italia, por las intrigas domésticas y por las aproximaciones amenazantes de Guido II, duque de Spoleto. En el 840, colonias de sarracenos habían empezado a instalarse en el Sur de Italia. Juan hubo de escribir “que todas nuestras costas han sido invadidas y los sarracenos están tan en casa en Fundi y Terracina como en África.” Para combatir a estos enemigos de la cristiandad, Juan no escatimó su persona, su tiempo ni su dinero. Nunca cesó de convocar a los emperadores a tomar conciencia de su posición y responsabilidades, a hacer a un lado sus ambiciones miserables y a tomar partido contra aquellos que amenazaban su fe y su país. A través de conversaciones con los príncipes menores del sur de Italia, y mediante dádivas, logró separarlos de la alianza con los sarracenos o unirlos en batallas contra ellos. Pero no quedó conforme con urgir a otros a emprender acciones contra ellos. Él mismo asumió las tareas tanto de general como de almirante. Fortificó San Pablo de Extramuros, donde sus trabajos fueron tan extensos que merecieron ser llamados “Juanópolis.” La nueva fortificación tenía más de 3 kilómetros de circunferencia. Para proteger la “ciudad del Viejo Pedro,” como desdeñosamente llamaban los sarracenos a Roma, el propio Juan patrulló la costa. Atacó la flota pirata sarracena en el promontorio de Circe y salió completamente victorioso (876). Pero sabiendo que no podían hacer más, imploró la ayuda del emperador para que su victoria fuera permanente. Carlos el Calvo estaba dispuesto a ayudar, pero murió (877) antes que pudiera realizar alguna acción. De ese modo, Juan tuvo que seguir luchando solo contra los sarracenos hasta su muerte.

Durante todo el tiempo que duró su pontificado, Juan fue agredido casi por tantos enemigos en y alrededor de Roma, como lo fue por los sarracenos. Cuando ocupó la sede de Pedro, encontró muchos de los principales cargos de la Iglesia en manos de nobles con mala reputación, la mayoría de ellos relacionados entre sí y con un número de mujeres casi tan malas como ellos mismos. Entre los primeros estaba Gregorio, el primicerio de la Iglesia Romana, un pecador irredento; su hermano Esteban, el secundicerio, hundido en crímenes y su infame yerno, el asesino y adúltero Jorge de Aventino. Aliados con éstos, al menos en los crímenes, estaban Sergio y Constantina. Formoso, el Obispo de Porto, tuvo la mala fortuna de estar relacionado con algunos de estos hombres por lazos de amistad. La muerte del emperador Luis II en agosto de 875, quien había sido protector de este nefasto grupo, dio a Juan la oportunidad de enfrentarlos. Cuando inició el proceso en su contra, lograron evitar aparecerse ante él en un principio. Mientras tanto organizaron un complot en su contra y buscaron obtener la ayuda de los sarracenos. Viendo finalmente que el Papa era demasiado fuerte para ellos, huyeron de la ciudad, llevándose los tesoros de la Iglesia. Desdichadamente para su reputación, Formoso huyó con ellos. Al no presentarse a juicio, los exiliados fueron degradados y excomulgados. Mientras estuvo en Francia, Juan refrendó la sentencia en contra de Gregorio y su grupo. Juan no había ido a Francia completamente por propia voluntad, Lamberto, duque de Espoleto, actuando ostensiblemente en favor de Carloman de Bavaria, quien aspiraba a ser emperador, presionó al Papa lo más que pudo, amenazando constantemente su territorio para finalmente invadir Roma en el 878. Incapaz de soportar la persecución de este tiranuelo y al mismo tiempo ansioso de entrar en contacto personalmente con todos los candidatos al trono imperial, vacante desde la muerte de Carlos el Calvo (6 de Oct de 877), Juan fue a Francia. Una vez ahí, coronó a Luis como rey en septiembre de 878, pero fue incapaz de obtener un candidato adecuado para el imperio.

Las acciones de Juan no se redujeron a Italia, Alemania y Francia. En España encontramos que constituyó Oviedo como sede metropolitana. También bajo su influencia se añadió una ley contra el sacrilegio en el Código Gótico de España. Juan recibió en Roma a Burhred, rey de Mercia, a quien las miserias que le ocasionaban los daneses por toda Inglaterra lo obligaron a buscar paz en el santuario de los Apóstoles. Edred, arzobispo de Canterbury, también busco consuelo en el Papa. Estaba perturbado por los daneses y preocupado por el rey Alfredo, quien en su juventud no fue el sabio monarca que llegó a ser. Juan simpatizó con él y le dijo que había escrito al rey para que le ofreciera la obediencia debida. La mayoría de los historiadores modernos simplemente nos dicen que Juan murió el 16 de diciembre de 882. Sin embargo, uno que escribió en la distante región de Fulda, ha dado ciertos terribles detalles que no son aceptados por los mejores historiadores modernos. De acuerdo con los anales de aquel monasterio, un conocido de Juan, quien trataba de apoderarse de sus tesoros, trató de envenenarle. Al darse cuenta que la droga actuaba muy lentamente, lo mató golpeándolo en la cabeza con un martillo. Entonces, aterrorizado por la hostilidad que una vez le había manifestado, cayó muerto sin que nadie le pusiera una mano encima. Se sospecha de la autenticidad d lo descrito anteriormente, dado que raya con lo increíble y que la fecha consignada para la muerte de Juan en los anales de Fulda es incorrecta.