Mientras era todavía Papa-electo, Juan, con los demás líderes de la Iglesia Romana, escribió al clero del norte de Irlanda para informarles de los errores que estaban haciendo con respecto al tiempo de continuar con la Pascua y exhortándoles a estar en guardia contra la herejía pelagiana. Más o menos al mismo tiempo condenó el Monotelismo. El emperador Heraclio inmediatamente desconoció el documento monotelita conocido como la “Ecthesis”. A su hijo Constantino III, Juan dirigió su apología para el Papa Honorio, en la cual denunció el intento de conectar el nombre de Honorio con el monotelismo. Honorio, declaró, al hablar de una voluntad en Jesucristo, únicamente pretendía declarar que no hubo dos voluntades contrarias en Él. Juan fue enterrado en San Pedro.