En 1583 ingresó a la Universidad Inglesa en Reims para estudiar para el sacerdocio (28 de Julio). Fue ordenado sacerdote el 31 de Marzo del siguiente año, pero continuó sus estudios después de la ordenación hasta 1586, cuando el 21 de Mayo dejó Reims en compañía del Ven. Edward Burden. No se han preservado detalles sobre sus labores misionales; pero en su juicio el Barón Savile, el juez, incidentalmente observó que él lo había conocido en Oxford algunos años después de 1596. Finalmente fue arrestado en 1599 en la casa de Eleanor Hunt, una viuda, quien fue arrestada con él y confinados en el castillo de York. Allí, con otros prisioneros católicos, fue llevado por la fuerza a oír sermones protestantes.

Fue llevado a juicio junto con Mrs. Hunt en las sesiones judiciales de Cuaresma de 1600, y ambos fueron condenados, el primero por alta traición, la última por felonía. Ambos renunciaron a la vida y la libertad al precio de la conformidad, y el mártir sufrió con gran constancia, mientras a Eleanor Hunt se le permitió continuar en prisión hasta que murió. El doctor Worthington, al escribir sobre el Ven. Christopher Wharton, elogia especialmente su “humildad, caridad ferviente, y otras grandes virtudes”.